独自ドメインの場合、自分の好きな名前のURLやメールアドレスにでき、なおかつ、アドレスが変わりません。サブドメインの場合は利用している業者を変えた場合、アドレスが変わってしまいます。こういった面からも、長い目で見れば独自ドメインでサイトを運営した方がよいでしょう。
ただ、サブドメインでも十分なサービスを受けられる場合もありますので、やはり目的や用途に合わせてうまく使い分けることが必要です。